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adelies
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WCG 網格運算 之 對抗 AIDS 計畫介紹

WCG 網格運算 之 對抗 AIDS 計畫介紹


利用電腦對抗癌症的資料網路上應該有不少了,所以這次笨蛋不才換一個不同的分散式計算來為大家介紹。下文翻譯自 World Community Grid 網站 中關於 對抗愛滋病 Project 的網頁。笨蛋不才翻的不好之處,敬請各位大大見諒,也請大家不吝指教。


對於 World Community Grid 與 BOINC,可參考 DC Club 分散式運算愛好者俱樂部中的一文:「[簡介]World Community Grid(WCG) (BOINC、WCG(UD)平台)」。該網站也有「[簡介]BOINC 的專門討論區」。


相關網站:
World Community Grid 網站目前任務介紹
World Community Grid官方網站
BOINC 官方網站
[email protected]官方網站



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[email protected] 在家對抗 AIDS
http://www.worldcommunitygrid.org/projects_showcase/viewFaahResearch.do


聯合國愛滋病組織 (UNAIDS) 是一個跨國對抗 HIV/ADIS 的計畫,根據該組織的估計,在 2004 年, 球有超過四千萬人感染 HIV 病毒(人類免疫缺乏病毒),不論男女老幼。目前,得到治癒此疾病的解藥仍遙遙無期,只有使用多種藥物來進行醫療。


奧爾森博士 (Arthur J. Olson) 在 TSRI 機構 (The Scripps Research Institute) 的實驗室中,研究根據分子結構設計對抗 HIV (Anti-HIV) 藥物的計算方式。奧爾森的目標是阻止一個病毒成熟的關鍵分子機構-HIV 蛋白酶。這些常稱為 "蛋白酶抑制劑" (protease inhibitors) 的阻斷劑可避免 AIDS 的開始與延長患者的壽命。奧爾森的實驗室使用計算的方式來鑑定擁有正確外型與化學特性的新藥物候選者來阻斷 HIV 蛋白酶。這種普遍的作法稱之「以結構為基礎的藥物設計」(Structure-Based Drug Design,譯注:亦稱「循理性藥物設計」)。根據美國國家衛生院 (National Institutes of Health, NIH) 中的國家一般醫學研究院 (National Institute of General Medical Sciences, NIGMS),這種方式對已經罹患 AIDS 的病患有顯著的影響。


更具挑戰的是,因為 HIV 是一個「草率的複製者」(sloppy copier),所以會持續的變種,有些會對目前的藥物產生抗藥性。因此,科學家持續研究新的、更好的藥物對抗這些會移動的目標就更為重要了。科學家利用對蛋白質或藥物的外型分別進行試驗,但很少能兩者一起進行。若科學家知道藥物分子是如何安置在標的蛋白質的活化位置(active site)裡,化學家便能想辦法設計比現在更有效的藥物。


為了迎接這些挑戰,World Community Grid (世界共同體網格) 的 [email protected] (在家對抗 AIDS) 計畫利用了一套奧爾森博士實驗室開發的「AutoDock」程式,AutoDock 是一套工具,用來預測像候選藥物(Drug Candidate)之類的小分子,是否可以鍵結或「對接」(Dock)到已知的 3D 結構中。


最初的 AutoDock 程式在 1990 年,由 David S. Goodsell 博士在奧爾森博士實驗室撰寫完成。之後的版本,由 Dr. Garrett M. Morris 開發,為 AutoDock 加入了新的科學理解與策略,讓計算過程更穩健、更快、與更利於讓其他科學家使用。World Community Grid 使用 AutoDock 對接(Dock)大量不同的小分子到 HIV 的蛋白酶 (蛋白質分解酵素),因此可利用計算的方式獲得最佳的分子,再由實驗室測試對抗病毒 (HIV) 的效力。


藉由 Scripps 研究機構、World Community Grid、與逐漸增加的志願軍的通力合作,可以比之前更快找到更好的治療方式。

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此文章於 2007-04-28 02:17 AM 被 adelies 編輯.
舊 2007-04-28, 02:15 AM #1
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iorittn
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我用BOINC介面算WCG時
它是不是會自已抓你的CPU是多少核@@?
我是雙核,它好像自已開了2個任務在跑
 
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Elis的肖像,少年Abyss尋找的女孩
為愛打開冥府大門,揭開無限輪迴的少女
"那個女孩,是我尋找的Elis嗎?"假面男如此說著
最後認清真相的少女EL,夢想與現實的交會點
第四地平線,那個樂園的名字是"ELYSION"或是"ABYSS"
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舊 2007-04-28, 09:50 AM #2
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iorittn
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有沒有辦法解決記憶體吃太多的情[email protected]@?
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舊 2007-04-28, 12:26 PM #3
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iorittn
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加入日期: Jul 2002
文章: 1,733
我好像找到調整的地方了...........先試試
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舊 2007-04-28, 12:34 PM #4
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adelies
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加入日期: Dec 2001
您的住址: Cape Crozier
文章: 6,122
引用:
作者iorittn
我用BOINC介面算WCG時
它是不是會自已抓你的CPU是多少核@@?
我是雙核,它好像自已開了2個任務在跑

是的,多 CPU/核心時,會開多個任務一起跑。

如果多 CPU/核心不想全部使用到,印象中改安裝目錄中的 global_prefs.xml 有用 (不過很久沒動過這個設定,若沒用小弟再來試試看 )
...
<max_cpus>2</max_cpus>
...

(edit: 忘記說,上面 2 是你想要他同時工作的量,如果最多只想一顆,就改 1)

另外,中文版有一個地方翻譯嚴重錯誤 (有會中文化的網友願意幫忙嗎??),就是在最小化到工具列後,ICON 上點滑鼠右鍵出現的選單:"稍後通知" 其實是 "暫停" 之意 (Snooze = 打盹)。方便做重要事情而不願意讓 CPU 滿載時,可暫時讓 BOINC 暫停計算。

此文章於 2007-04-28 01:11 PM 被 adelies 編輯.
舊 2007-04-28, 01:08 PM #5
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毒蛇派
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加入日期: Apr 2007
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文章: 128
跑這些真的是
浪費時間
浪費資源
浪費金錢
增强溫室效應
增加核廢料污染地球

根本就是本末倒置
舊 2007-04-28, 01:21 PM #6
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毒蛇派離線中  
Arale
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文章: 2,788
引用:
作者毒蛇派
跑這些真的是
浪費時間
浪費資源
浪費金錢
增强溫室效應
增加核廢料污染地球

根本就是本末倒置


你不就正是在做你說的這些事嗎
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World Community Grid It's simple,secure,and you can contribute for free.
舊 2007-04-28, 01:24 PM #7
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Arale離線中  
fshschen
Advance Member
 

加入日期: Aug 2002
您的住址: 高雄市
文章: 486
抱歉沒看到這篇在貼一次~

若要跑 World Community Grid (WCG)
請記得裝 CPU 使用量調整程式 (官方)
http://www.worldcommunitygrid.org/f...CGridMaxCPU.exe

WCG 的預設CPU使用量只有60%
用這個程式可以改為100%
__________________
Pentium 4 2.4CG Q320A305
ASUS P4P800
DDR400 BH-5 256MB * 4 (預設電壓最佳化)
MX440
Hitachi 120GB 8M
BenQ1640 + 4KUS 52x24x52x
康舒 350W Power (APFC)
ViewSonic VG710s
耳機 : AKG K66
舊 2007-04-28, 01:30 PM #8
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fshschen離線中  
毒蛇派
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毒蛇派的大頭照
 

加入日期: Apr 2007
您的住址: 臺北市辛亥路3段330號
文章: 128
濫交搞出來的還要浪費地球的資源
把全世界得AIDS的還有帶原者全部殺掉不就好了
舊 2007-04-28, 02:03 PM #9
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毒蛇派離線中  
nicky0430
Major Member
 

加入日期: Mar 2005
文章: 248
引用:
作者毒蛇派
濫交搞出來的還要浪費地球的資源
把全世界得AIDS的還有帶原者全部殺掉不就好了


那溫室效應是不是把人類都殺掉就好了?
__________________
永遠跟不上3C的速度...
舊 2007-04-28, 02:05 PM #10
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nicky0430離線中  


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