毒樹毒果理論並未完全進入中華民國法律，現行採行反面排除，即除法律另有特別規定不得為證據，例如刑事訴訟法第一百條之一第二項、第一百五十八條之二、第一百五十八條之三等類者外，縱然違法取得之證據，應逕依法認定其證據能力。不以法律明訂正面臚舉始為合法，法律未規定不視為合法之借口。

例如釣魚辦案，為何不追究警方假冒販毒或****，卻對買毒或企圖****易嫌犯法辦，實際上此手法向來被歸類為誘捕偵查手段，並無毒樹毒果理論之適用。本案動保志工佯裝「請教如何毒狗」，卻暗中偷拍紀錄，典型非法蒐證，以非法手段取得證據，但不適用外國毒樹毒果理論。動保志工有無違反妨害秘密罪與詐欺罪，或者動保團體有無違反動物保護法，放任家犬及流浪犬咬死張家的家兔並要求賠償，可另行再論。但是亂放毒有無觸犯公共危險罪，動保志工詐騙而來之證據卻可能被法官採信，不管是否為非法蒐證而來。此為中華民國法律本於實質保護之法理，當同有該相對排除規定之適用，不拘泥於程序正義。