營業秘密法
第四條（以契約方式約定營業秘密之歸屬）
　　出資聘請他人從事研究或開發之營業秘密，其營業秘密之歸屬依契約之約定；契約未約定者，歸受聘人所有。但出資人得於業務上使用其營業秘密。

樓主是受聘研發，而且沒有契約來約定控制程式屬於誰
理當專利申請的權利以及著作權都歸屬於樓主
甚至依照營業秘密法，連控制程式的營業秘密也都屬於樓主

收到律師函的話，他指控的侵占、營業秘密是哪個部分呢? 控制程式本身?
先釐清控制程式是樓主以B公司已有程式為基礎再導入特殊的演算法，還是從無到有?
被認為相同的400行程式，可有書籍資料證明是普遍的基礎程式?
A公司原來使用的控制軟體也包含那400行所謂的基礎程式?還是後來導入新設計才有。

總之你不能阻止他告你，通常正式提告了也都會有一套說得通的理由
麻煩的事情一定會有的，但不見得會輸
列為共同被告的話，詢問看看A公司的訴訟策略是什麼
有牽涉樓主的部分能不能一起辦理，真不行
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