還沒遇過樓主的狀況（03t版），但目前已出到03v版（2009-04-15）
初看到樓主的狀況....直覺反應是....第0軌有問題（壞軌）？？
再看到2樓的回覆....就不太有把握了....目前最多只用到DOS（Win-98）+WinXP作到3重開機

偶的習慣是不論新舊硬碟：
1.原廠低階格式化或用HD Tune Pro 3.1或WinDlgcht等抹除擦寫（寫入0，並順便檢測硬碟）
2.不論安裝在MBR或啟動磁區（磁柱0∼1），一律先規劃好所有主分割並預先初步規劃開機選單....
（存檔並備份於軟碟救援用∼映像中XP安裝會被更改....用此還原開機的相關內容）
3.安裝作業系統（先隱藏其他同類主分割：較新版本03t預設不隱藏....但偶習慣上還是隱藏）
4.還原開機相關內容（WinXP等適用），並進一步更新開機選單或擴充分割等....
PS：
該SPFDisk原作者也是建議安裝在啟動磁區....相容性較高
近年來偶都習慣安裝於啟動磁區，且開機選單都保留SPF-Boot項目指向其本身....妙用無窮....

附上官網03v改版紀錄說明如下：
http://spfdisk.sourceforge.net/version.htm
[ 2000-3v 版 ]

－修正－

啟動管理程式－安裝在大容量硬碟時，多重開機可能遇上運算溢位而當機，在此版本已修正。

啟動管理程式－密碼輸入畫面右下角框格不正常的問題。

硬碟分割工具－當硬碟總磁柱數過大時，工作碟編號的顯示位置可能被擠出畫面。
－新增－

命令列參數－新增靜音模式參數。

－變動－

啟動管理程式工具─在主選單裡重複放置一個『預覽』功能的選項。

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另好奇一問：樓主所用硬碟為何？？
因為較舊版本對新出款的高容量硬碟似乎有支援或相容性上的問題....
偶用WD-250G（IDE）和死雞-80G（SATA），搭配03t版本使用正常....

附帶一題：
SPFDISK始終是偶的最愛....（愛上其純DOS下的環境）
若是能在加上低階格式化（或寫入零點）並修復或隱藏壞軌功能就更棒了....
另若能夠直接格式化NTSF分割（完全格式化....非快速）就更好了....
PS：
純DOS下突破NTSF格式化問題....就現今技術而言....不知是否有可能辦到....