1. PCI-E 與 PCI/PCI-X 不相容。
2. PCI-E 不只會取代 AGP (若只是這樣就太低估了)，還會取代所有您認為原來應該插在 PCI 上、又需要高頻寬的東西，例如 RAID、高速網路等應該都會漸漸出現使用 PCI-E 的介面。
3. 但最重要，廠商不會馬上放棄 PCI，連 PCI 組織自己都認為 PCI 還會存在很長一段時間。