FAT32 與 NTFS 只是磁區 (partition) 的格式，彼此檔案資料可以相互移動 (只要 OS 認得)，當然，FAT32 有單一檔案 4G 的限制，所以無法把 > 4G 的檔案由 NTFS 磁區複製到 FAT32 磁區內。

如果使用的是 2000/xp/2003 系列 (對於不支援 ntfs 的 dos 或 windows 98 之類的舊 OS，也有軟體可以存取 ntfs 磁區)，不管磁區用 FAT/FAT32/NTFS 都可以讀寫，硬碟中也可以不同磁區用不同格式。所以，使用者可根據不同需求來使用不同磁區格式，當然啦，不同格式各有利弊得失。