阿~你問的真是時候，我剛自助行回到台灣跟樓主一樣是五天四夜。
不過由於我這次是高雄出發，所以是自訂機票和自訂酒店，不是買旅行社的機加酒，兩種方式我都用過，各有優劣性。因應你的規劃，小弟幫你安排行程及其注意事項如下：
一般來說都是早班機出發所以我大約幫你寫上時間，如時間有誤你自行調整

第一天 出發日本
抵達東京成田機場第二航廈。
在第二航廈出關後去買京城電鐵的車搭到上野(或日暮里，因為我不知道你最後訂哪裡飯店所以是以坐到上野站規劃的)，走出上野站正面出口到對面換搭另一系統JR的山手線，從上野(或日暮里)坐到你訂的飯店
到這裡為止時間大約是這樣中午1點出海關約1小時，預計2點可搭乘京成線。一路轉車到新宿(或池袋)站 hotel大約是下午3~4點左右。
本日行程：
14：00~16：00 機場到 池袋(或新宿或00點)的飯店check in
16：00~18：00 飯店附近逛逛
18：00~22：00 晚餐、飯店附近區域逛街

第二天
本日行程：
08：00~09：00 起床+早餐
09：00~11：00 往築地市場（OO站->築地市場(大江戶線)）
11：00~13：30 築地市場逛街、午餐
13：30~14：00 築地市場到汐留（大江戶線）不坐車用走的也可以大概20分鐘而已
14：00~22：00 海鷗號YURIKAMOME完走行程
汐留->芝浦碼頭彩虹大橋->御台場海濱公園SD鋼彈勇士、自由女神->富士電視台及展望台->AQUA CITY->科學未來館->晚餐->調色盤城摩天輪及維納斯堡中心 ->大江戶溫泉物語->汐留

第三天
本日行程：
08：00~09：00 起床+早餐
09：00~13：00 明治神宮、原宿代代木公園、原宿竹下通、澀谷
14：00~17：00 表參道
17：00~19：00 六本木之丘及麻木十番
19：00~21：00 在六本木或是麻木十番附近晚餐
21：00~22：00 六本木站往OO站（日比谷線或JR山手線）

第四天
本日行程：
08：00~09：00 起床+早餐
09：00~11：00 往吉卜力美術館（OO站->三鷹站(JR中央線）
11：00~16：00 吉祥寺一帶逛以及吉卜力美術館
16：00~21：00 新宿

第五天
本日行程：看日本時間我記得旅行社好像都是17:00左右成田機場起飛
預計15:00抵達機場辦理chech in
08：00~13：00最後購物時間 13：00 需從京成上野站出發搭乘京成線(從上野搭車才會有位置從日暮里常常會沒位置)

以上說明，不過你還是確定要訂哪裡飯店或是給我完整飛機時刻以及你和大嫂的需求我比較好幫你

東京自助旅行很方便
只要先把預定去的點查清楚
確定在哪站下車就行了
東京很多地方地鐵都可以到

築地-壽司 +1
上野-藥妝 +1 ,上野公園
三鷹之森吉卜力美術館 +1 ,但票要提早購買,若在日本才買應買不到.台灣東南旅行社有在代賣可以考慮.

如果都以JR來看,這兩間飯店的距離應該差不多
大概都要十分鐘左右
但新宿站這邊沒走過的話有走錯的可能性

台場跟三鷹之森可以參考SimonSimon兄的行程
上野動物園可以去旁邊的阿美橫町跟公園走走
時間還允許的話可以在排個淺草跟秋葉原

第二天：台場夠你逛一天了，覺得不夠的話，可以乘船坐到淺草
第三天：可以去順去井之頭公園走走，去吉祥寺一帶逛逛，如果在中野下車，也可以去走走
第四天：可以順道去阿美橫丁，買藥的話可以去OS DRUG，但是只能現金交易，或是去多慶屋，也是只能現金，阿美橫丁內有二木的果子店，可以買一堆零食類當伴手禮即可

若以新宿住宿
箱根1日遊---小田急特快，旅遊景點可上網查詢，到達後建議搭乘箱根登山電車上山

台場1日遊---百合海鷗號一日乘車券，最好是同站進出，上次走到下一站要進入車站
時無法過卡，日文不好費了一番功夫才跟站務人員解釋清楚，不知是否有改變，建議待到晚上，彩虹橋(東京港聯絡橋)的夜景一定要看

橫濱一日遊---充滿異國風情建築<---若是有興趣像我是從早走到晚

以上參考

simonsimon大，可否請問您當初五天四夜自助旅行，包含機票住宿等，一個人總花費約多少呢？

小弟也想嘗試到日本自助旅行。

台場一日遊的海鷗卡，我這次去，可以不同站進出喔，一定是買一日劵800日幣搞定，光是多進出一個不同站就划算了！

橫濱其實我也是大推薦，橫濱未來港及元濱那一帶走走，很舒服的感覺，應該是說大型天母的感覺吧 ！

箱根的話，我就比較傾向跟團比較划算就不要含在自由行規畫，我有算了一下價錢，跟團的箱根團費比較划算就是了，不過看個人想法啦。

我去過好幾次，每次價位都差很多，應該是因為同行的人需求不同吧！
對這一次6月初剛回來的5天4夜做個價位說明(我換算成台幣)：
機票高雄<->東京來回機票$12,300(刷卡+200塊白金卡刷卡有送保險所以我刷卡)
上野商務飯店套房2人2床房間雖小但質感還不錯喔4晚每人總價$8,900不過自己一個可以考慮住民宿，上野附近還蠻多選擇的價位每晚台幣700~300不等！
而我超愛吃東西每天4餐左右和一些小點心小雜支5天台幣$8,000！
交通費用含括了在台灣時到機場來回費用，日本京城線來回，地鐵一日劵等等大概是$2,000的移動費用。
所以食+住+行+小雜支=12,500+8,900+8,000+2,000=$31,400台幣

PS:不過這次我小鋼珠小玩了一下贏了9000台幣左右，所以花費算有省到一點，哈！