外交部次長夏立言請辭獲准，成為第一個因莫拉克水災下台的政務官，之後還有哪些部會首長會被撤換，朝野已展開檢討。至於是否會造成內閣大幅改組，未來的災後重建黃金時期，各首長的魄力和能力不可避免地將是觀察重點。

不過在野的民進黨已經提出一份名單，認為包括國防部長陳肇敏、農委會主委陳武雄、經濟部長尹啟銘、外交部長歐鴻鍊、法務部長王清峰等在內的首長，在救災告一段落後一定要下台。該黨文宣部主任鄭文燦認為，一個無能的團隊勢必要進行改組了。

前內政部長、農委會主委蘇嘉全表示，這次的災害如此嚴重，主要肇因於「四不一沒有」，分別是：氣象局雨量預測不準、災情資訊來源不全、中央災害應變中心整合不力、救災速度不夠快且能量也不足，以及當前政府沒有決策能力。蘇嘉全說，內政部長廖了以應該坐鎮中央、負責協調調度資源，而非一直往災區跑。

事實上，緣於九二一大地震的救災經驗，立法院在二○○○年通過「災害防救法」，目的就是要協調與統合中央各部會防災、救災資源及機制，因此將主管風災的內政部、主管土石流的農委會、水災的經濟部，以及交通運輸修護的交通部等，納入行政院中央災防體系。

國民黨立委邱毅表示，「災害防救法」已經完整羅列政府對於水風災的責任範疇，除了這些重點部會，未來災後復建包括負責學校重建的教育部、疾病控管的衛生署，也要上緊發條，納入整個災後重建委員會中。

邱毅指出，這次災害通報系統失靈、災情掌握出錯、救災行動緩慢、資源整合不當、政府高層相關人士發言離譜等等，在救災至一個段落之後，馬政府必須檢討，甚至做必要的內閣改組。