98年度預算勞保局編列「績效及考核獎金」預算4.3億，而健保局年年虧損，竟也編列「績效及考核獎金」預算5.1億，甚是諷刺。立法院預算中心一再針對這兩個機關單位獎金預算編列不合理提出質疑，認為這兩個單位的業務性質屬行政機關，不該比照國營事業編列績效獎金。

勞保局及健保局對獎金編列都訂有「經營績效獎金實施要點」，在針對立法院質疑所提出的說明中，強調都是「依法編列」。

但立法院預算中心歷年評估報告指出，勞工保險及全民健康保險是屬強制社會保險，「不以營利為目的，財務收支係建立在維持平衡之基礎下運作；該局向被保險人收取保費，亦只是政府執行公權力之表現。」；報告中也認為勞健保局的業務性質應該屬於行政機關，不該比照國營事業訂定「經營績效獎金實施要點」，並據以編列績效獎金。

國營事業「績效獎金」的設置目的在鼓勵國營事業機構企業化經營，獎勵從業人員積極創造盈餘，如果事業本身發生虧損，就不必然能享有該項獎金。

就算健保局機關性質可比照國營事業，但健保局屢屢發生虧損，98年度純損就將高達324億元，卻仍編列接近4個月的獎金預算，自然惹人非議；而勞保局及健保局機關定位究竟是國營事業還是一般行政機關的爭議問題，也再度引起討論。