2011年9月29日，衛生署宣布柯文哲教授為台大醫院移植愛滋病人器官的唯一罪人，可能接受嚴厲的懲處，有失公道。

等待器官移植來日無多的病人眾多，能幸運獲得器官捐贈的機率可遇而不可求，呈現嚴重供不應求的現象，在美國已經可以使用愛滋病人的器官，施行移植，因為需要移植心臟、肺臟或肝臟的病人，通常剩餘壽命短於6個月，最多不超過1年，接受愛滋病人器官移植的成功率和無愛滋病的器官沒有差異，一旦手術成功，即使感染愛滋病，從發病到死亡，通常在10至20年間，壽命至少延長10倍以上，所以此次接受心臟、肺臟或肝臟移植的病人，是受益者，不是受害者。尿毒症病人，如果依靠血液透析或腹膜透析維生，存活時間不一定會超過10年，所以接受腎臟移植的病人，也不是絕對的受害者。
器官移植需要團隊分工合作，依據標準作業程序進行，要求柯文哲教授必須親自開立檢驗單和判讀檢驗結果，既不合理也不可行，國際移植醫學規範也沒有這種要求。為提升移植器官的活力和保存正常功能，緊急器官移植分秒必爭，柯文哲教授又不是器官移植的執行者，不應該要求他必須親自出面開立檢驗單和判讀檢驗結果。
重懲不利重症病患

輸血也是廣義的器官移植的一個項目，當病人罹患子宮外孕破裂，腹內大量流血陷入休克至急診處求醫時，開立血型檢驗和輸血請單者為急診值班醫師，然後通知婦科值班醫師動手術，如果檢驗師驗錯血型輸錯血，是否要追究婦科主任沒有親自到急診處開立檢驗單和判讀檢驗結果的責任？
柯文哲教授原本是心臟外科醫師，他放棄手術，成為台大醫院重症外科病人的守護神，拯救許多瀕臨死亡的病人，功德無量，最著名的是參與急救胡志強夫人。他也是一位優秀的重症醫學教育家，造就許多人才，對國家社會貢獻良多，如今遭受如此殘酷不公道的懲處，影響所及，將來會讓全國許多重症病人喪失生命，是國家、社會的重大損失，呼籲衛生署重新調查處理，還給柯文哲教授一個公道。

作者為和信治癌中心醫院副院長