先解決第一個問題再來考慮轉錄格式的問題吧。
基本上第一步你就會有困難，因為據我所知目前新出的MD都沒有數位輸出的功能。所以你沒辦法透過光纖將MD上的資料錄到電腦中。以前Sony跟Sharp曾經都有這樣的功能，後來可能是覺得沒有必要就把這個功能給拿掉了。即使是Sony最新的Net MD也只有單向（PC to MD）的數位下載，所以如果你真的care音質，除非你找的到這些老古董，或是乾脆買一台MD deck，否則這個問題應該是無解。