既然其他軟體可以顯示出畫面，就代表不是MMC的問題
可能要調整TMPGEnc的VFAPI Plugin優先權了
在TMPG的Option->Environmental Setting...->VFAPI Plug in裡
試著把AVI VFW compatibility Reader或是DirectShow MultiMedia File Reader 的優先權提高看看能不能解決

另外Huffyuv格式應該比YVU9品質更好，而且檔案大小稍微小一些（視情況而定）
只是需要CPU做（無失真）壓縮運算你可以試試