我這次處理過的檔案，時間長度都一樣，並沒你說的情況，另外之前那個40min的檔，是有些時間的誤差，不過每個檔的時間差距不大，頂多2秒，推測原因是因為我在錄影的過程中，還做了其他事情，導致錄影過程中稍微頓了一下，但是處理過後，我並沒感到影音不同步的情形，或許TMPGEnc 做了些許修正，所以就解決了，對這方面我也不是專家，只是提供一點經驗給大家參考，在我這邊可行，在你們那邊不一定行，你們還是得自己試驗一下囉。
我的配備給你們參考一下:

OS:Win98SE + VIA 4 in 1 driver
CPU:TB 1.33G(133FSB)
Mainboard:ABit KT7A
Ram:Kingmax 256MB PC-150 x 2
VGA:ATI Radeon VE
HDD:Q牌 AS 30G 7200Rpm
Sound Card:Creative SB Live!Value
TV Tuner:ATI TV Wonder