法官當然可以自行決定。
這裡就是自由心證的範圍了，其實只有在證據可信度判斷上，才是自由心證的適用範圍，其他的全部都是誤用。

不過專業醫師的鑑定報告，法官如果不採信，法官通常要詳述理由，否則很容易在上訴後被上級法院以判決不備理由認定違法而撤銷原判決。