前一任中共的打手

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多數香港市民對陳馮富珍的認識，始於1997年H5N1禽流感在香港出現的個案。當時香港一名3歲小童因為在一個販賣活雞的店舖門口空地玩耍，吸入帶有病毒的雞糞而死亡，成為全球首宗人類感染禽流感的病例。在市民恐慌之際，陳馮富珍為了安定人心而向公眾宣稱：「我日日都食雞，大家唔好驚。」（我每天都吃雞，大家不要害怕），但不久後禽流感在香港全面爆發，她因而被批評誤導公眾，更因而被大眾蔑稱為「雞珍」。隨後香港政府下令撲殺香港全部雞隻和其他家禽，最終使得疫情得以杜絕，此種殺絕事發地區家禽之做法往後被其他國家及地區所相繼採用。[8]

2003年爆發嚴重急性呼吸系統綜合症（SARS）期間，由於評論認為香港政府未能夠及時採取有效措施防止疫症蔓延，並且因為中國大陸以「國家機密」為理由而拒絕發布消息，有批評指陳在廣州發生疫情初期後知後覺，同時內部協調混亂，受到香港立法會的指責和公眾的批評[9][10]。

香港《明報》於2006年11月9日出版的《聞風筆動》專欄上透露：在嚴重急性呼吸系統綜合症疫情期間，身為衛生署署長的陳馮富珍拒絕到重災區淘大花園視察疫情，更不惜揚言辭職，導致控制疫情受到阻延。根據崔少明於2007年8月1日出版的《都市日報》專欄上的紀錄，淘大花園疫情擴散之謎的解開是由時任環境運輸及工務局局長廖秀冬在幕後協助，與陳馮富珍領導之衛生署無關係[11]。

而她在任世衞總幹事期間亦備受批評。在2014年伊波拉病毒於西非爆發後，世衞被批評無能和反應遲鈍[12]。陳馮富珍本人亦於後來的演說中承認當時處理不善，需負上個人責任[13]。

2017年5月臨近卸任之際，由世界衛生組織內員工不具名爆料，該組織每年的旅行經費高達2億美元，陳馮富珍出國搭頭等艙、飯店住總統套房[14]，卻還向聯合國成員表示經費不足並要求援助。