9月6日中西太平洋漁業委員會上，台灣方面同意用300公噸的黑鮪限額，和日本交換大目鮪限額，但因黑鮪市價高於大目鮪，被批為不平等交易。農委會主委陳吉仲今晚在臉書發文指，此次交換案可讓大目鮪漁民捕更多，「完完全全是增加漁民收入的做法」，百利無一害。陳吉仲表示，外界認為台日兩國交換案有損漁民權益的疑慮，這是完全不對的想法，「讓我用白話文來跟大家說明」，結論是這樣的做法不但不會讓捕黑鮪魚的漁民少捕一尾，且可讓大目鮪漁民捕更多，完完全全是增加漁民收入的做法。

陳吉仲再次強調說，我國近年在中西太平洋的黑鮪魚限額是1709公噸，而大目鮪限額在1萬481公噸左右，但我國黑鮪魚實際捕獲量約4百多公噸，大目鮪則有9千多公噸，「就算我們捕獲的黑鮪魚數量翻倍，都還剩下很多的限額可以運用」，這些額度如果長期不用，未來各國檢討限額的時候，我國就有可能被要求削減。反觀台灣捕獲的大目鮪已接近額度上限，還有很多小船因限額不夠，只能分配到20噸，漁民長期希望可增加限額。因此拿台灣根本沒用到的虛擬額度，去換漁民可以實際捕撈的數量，這對漁民來說，是百利無一害。更重要的是，台灣並不是把黑鮪魚的限額「讓」給日本，只是在沒用到的時候，「借」給日本用1年，同時要求日本也要「借」給台灣需要的大目鮪限額，未來若台灣漁民自己要用，隨時都可以收回來，這樣的做法不僅符合國際實務，也符合台灣漁民的需求。