我覺得演化有兩點說不清礎的地方是,

一是為什麼生物體內各項系統可以同步優化?
如果純靠突變, 以人為例, 理論上眼睛變好的新生代, 腦袋可能是變差,
這還只有兩個系統, 事實上人體有其他內分泌, 免疫,...一大堆系統都演化成很精妙,
即使假設只有10個系統(變數), 用純random的方式, 如何讓10個變數都逐步變好?
因為每代人類只有有限的子孫, 以及只有有限的代數, 而突變機率不大, 篩選過較佳的基因還需要時間慢慢擴散, 不一定能存活, 而過去連人口也十分有限,
如何讓人類短短時間就演化到目前的水準?
我感覺其實除了細菌這種量多, 繁殖快的生物,
其他大型生物都有代數不多, 數量不多, 許多系統卻如何能同步演化成功的疑點?

二是生物逐步演化過程中, 如何突破染色體數不同這級的斷層,
理論上連染色體數不同, 有性生殖時染色體無法配對,
胎兒將無法誕生, 即使誕生也不具備繁殖能力,
所以同一種生物群體內的染色體數目很穩定,
但不同種生物的染色體數卻都不太一樣,
即使血緣很近的生物(人與黑猩猩就不同),
所以當一種生物演化成另一種時,
如何跨過染色體數變化但卻還要繼續繁殖的鴻溝?