薪資是給人的，那就從員工的角度來看。

某甲屬於公司A，那在公司A的人事薪資系統就會有人事、薪資資料，
每月再依照某甲的出勤狀況，結算出薪資，人事薪資軟體可以依照往來銀行提供的規格，
產出一個媒體轉帳的檔案，將這個檔案提供給銀行，就可以發薪水了！

如果某甲又在公司B兼差，公司B也是利用自己的人事薪資系統、往來銀行去發薪水。

若是集團有子公司，某甲在不同子公司都領有薪水，各子公司往來銀行不同，
也都是發各自的薪水，人事薪資系統都可以設定，不太理解樓主所謂整合的問題，是指哪方面？