漢語拼音是比較有個規則來判斷"ㄓㄔㄕ、ㄗㄘㄙ"、"ㄢㄣㄤㄥ"、"ㄒ、ㄙ"啦，
(zh- ch- sh- vs z- c- s-，-an -en -ang -eng，x- s-)
比較適合純普通話(國語)的中文環境教學，
而台灣這邊陳水扁執政時這邊是說通用拼音比較泛用，能用在拼較多方言的音，
(主要是要有別於對岸，不過又有些人搞了個台羅拼音，導致通用也不那麼通用)
所以設定為預設拼音，只不過當時的首善之都台北是馬英九當市長，
為了避免與世界趨勢無法接軌，因全世界大部分的中文拼音都是採取漢語拼音教學，
所以就採取與對岸相同的拼音辦法來實施...

只能說，漢語、通用拼音各有優缺點，這些上網查資料就能知道了，
至於政府要怎麼選？端看執政者的意識形態了，
一般老百姓只要管好自己的護照、信用卡、學歷、證照之類的拼法有一致就好了...