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台灣豬供不應求，有業者動起歪腦筋，除了從中國、東南亞進口豬肉轉賣，許多漁船甚至直接載著活跳跳的種豬、仔豬，1989年《中國時報》就曾報導，南寮漁港查獲4千公斤中國走私豬肉，疑似含口蹄疫病毒；《聯合報》也曾紀錄，1995年高雄港查獲漁船走私，船上除了槍械，還載了好幾噸乳豬和金華火腿，走私之猖獗可見一斑。

當時也有人猜測，病毒可能是經由人類帶入。在台灣爆發口蹄疫前一年，中國、香港、越南、菲律賓均傳出口蹄疫大流行，但台商缺乏警覺，豬農甚至還去參觀、交流種豬，加上邊境措施管制不嚴格，病毒趁隙而入。

根據當時新聞記載和學者文獻，竹東屠宰場鄰近豬場陸續傳出豬隻嚴重死亡，而屏東、高雄地區豬農賣豬到新竹後，自家豬場也陸續有豬隻死亡，農委會19日正式宣佈疫情隔天，已有10個縣市，共28個豬場爆出口蹄疫，5月2日，除了養豬頭數較少的基隆市、台北市，以及有地理區隔的澎湖、金門、馬祖，其他縣市全部淪陷。