從字面解釋
京都是個中心點, 而東京, 不過只是京都的東邊而以.

原則上而天皇住在哪, 哪就是首都, 所以天皇只是"暫時"搬到東京去而以.
不過我猜測當初的暫時搬去東京只是安撫京都人的心, 事實上應該回不去了.

所以你說東京是首都也對, 莫名也沒有錯就是.