比起蔣經國，李登輝的鬥爭手段實在小兒科。
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孫立人兵變案其實是一連串的事件，主要目的是在整肅孫立人的勢力。自1950年，蔣介石與情治系統就開始有系統的整肅孫立人的下屬，直到1955年，才正式將孫立人解職，無限期軟禁。此事件由蔣介石與蔣經國主導，但是蔣介石真實的動機何在，史家仍未有定論。

蔣介石醫熊丸的回憶錄說，孫立人經常與美國官員開會，引起蔣介石的懷疑。熊丸本人認為，孫立人的忠貞無庸置疑，但他得罪蔣經國以及蔣經國手下的政戰系統，是造成他遭整肅的主因。

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1950年6月25日，韓戰爆發後，美國改為全力支持國民政府，在外交上承認台灣的國府當局，並給予美援，吳國楨地位不再重要，與蔣經國與彭孟緝的特務系統也不斷發生衝突。1952年，台灣第二次市縣長和市縣議會的選舉在即，吳國楨在臺北建立培訓學校，輪番培訓從各區選出的民眾代表，此舉引發蔣氏父子高度不滿。臺灣火柴公司總經理王哲甫無辜被捕，吳下令放人。臺灣保安副司令彭孟緝執行蔣經國命令，堅不放人，先判死刑；由於吳的反對，經蔣中正出面，改判七年徒刑。吳國楨已完全無法再與蔣經國共事，蔣中正曾派黃伯度傳話，許以行政院長之職，要吳好好與蔣經國合作，願當院長兼省主席亦可。但吳一概拒絕，偕妻上日月潭，聲言非辭職不下山。1952年復活節當天，吳國楨由日月潭下山，在臺中無錫飯店和僕人吃飯。一出門，就看到包姓司機臉色慘白；吳的座車前輪與主軸聯接的地方，疑似螺絲帽鬆動，幾遭不測。