這裡有一篇說在 DOS指令下可以指定要刷的是哪張卡，可以試試：

使用方法:
用GPU-Z存下你的BIOS
用VBE7打開,修改後存檔
用ATIwinflash或Atiflash寫入顯卡
(建議DOS模式用Atiflash刷,比較安全)
DOS指令 \Atiflash -p 0 XXXX.rom
0是PCI-E第一張顯卡 1是第2張


http://www.coolaler.com/showthread.php?311124