要看你對日本的"原住民"的定義是在大和王權統一前後或是現在主要血緣以外的群體(後世代領土征服的被統治民族)

如果是說統一前
例如九州在未被統治前的原住民被通稱做隼人, 是包含許多原住部落的一支

但是種族血緣上, 這些九州人也是繩紋人, 跟當時遍部日本的人種是相同的血緣
繩紋人就是最早日本原住民同時也是大和民族主要的基因群體

而蝦夷跟琉球算是近代征服後, 新領土的原住民