感謝各位，問題解決了！

先講結論：果然是 MSISupported 的問題



剛剛先重灌 Win10 在另一個硬碟 (Intel 535 120G)
一開始還沒有問題，但在系統更新後 (有可能跟更新有關，但又不能不更新)
原本的SSD已非系統碟，且沒有指定磁碟代號
但又出現一樣狀況(磁碟使用率100% 但讀寫沒有幾KB且開關機要好幾分鐘)

這次改了 MSISupported = 0 後重開，至目前為止沒有再發生問題



個人經驗…沒事不要隨便更新韌體XD，供大家參考。