馬堅決反對讓人民自己做主

反對總統直選1991年，馬英九和陳水扁接受臺大學生會邀請進行「憲改辯論」，面對國內外民主化浪潮，馬堅持必須保留國民大會，並且不認為國大有疊床架屋的缺點；此外，馬認為總統應由國大選出，堅決反對總統直選。

1992年，總統選舉制度改革，在國民黨黨內，「總統直接選舉派」與「總統委任選舉派」紛爭不休，馬英九作為副召集人，與李煥、郝柏村、邱創煥等保守派均以「法統」為由主張總統委任選舉，反對民意支持的公民直選。而後來李登輝急轉彎支持總統直選，馬英九在記者提問下，表示「以後我說的說話，你們還會信嗎?」。(2008年馬英九把過去主張委任直選的行為，指向是他為服膺中國國民黨中常會黨意（事實上是國民黨憲法研修小組的決定），聲稱自己未必主張委任直選。)