自己回答自己的問題,將就的辦法:
-在線上版設一個"未分類"資料夾,把不在資料夾裡的檔案都給放進去.但是這個時候桌面版的資料夾中,那些檔還是存在
-在桌面版的設定裡,把"未分類"資料夾打勾,包含進來
-同步好一段時間後,桌面版和線上版的目錄結構都一樣了
-把桌面版的設定裡的"未分類"資料夾前面取消打勾,噹噹,進去檔案總管裡面看,果然只剩一個我想要的那個資料夾
-那個"未分類"資料夾會跑到本機的資源回收桶裡,再去把它刪除

所以奉勸各位有在使用google drive的朋友們,要養成google drive裡根目錄裡不要有零碎檔案.否則在與本機同步時,就會發生像我一樣的狀況.

但是.....這不就與google原本的精神"不要分類,只要搜尋"背道而馳了嗎?我知道資料結構,google drive本來就是一個大資料夾,要與本機同步,一定得同步這個根目錄,所以不能只同步根目錄裡的目錄而不同步與它位階平行的零碎檔,這點我是可以理解.但是.....就是不能達到所謂的"只同步特定目錄"的理想....

是我們使用者太笨?還是Google沒想到這個不算BUG的BUG?違背自己理念的BUG?

應該也有人會遇到跟我一樣的問題而去反映的吧,我倒想看看他們什麼時候會把這個難解的問題解決?