陳水扁在請願書中說，他是軍政府委託在台灣治理的「實質民政首長」（de facto civil administrator），在台期間皆奉美國在台協會的指示行事，「即使這些指示不符總統的決策」，他被台灣法院控訴的行為，則是發生在他擔任民政首長期間。

陳水扁在請願書中也宣布，他向法院及全世界公布，美國軍政府的確在台灣存在，他依美國軍法尋求救濟，美國軍方也應出面，保護他這位曾擔任過美國軍政府在台民政首長的權利，並干預台灣法院對他的無期徒刑判決。

陳水扁這位請願人，因此以一位被判無期徒刑的前台灣實質民政首長身分，向美國軍事上訴法院「請願」，要求法院下令：
一、飭令美國對台軍政府，承認陳水扁是其代理人。
二、承認陳水扁會遭判刑坐監，都是在他擔任美國軍政府實質行政長官期間的行為。
三、飭令美國軍政府，指示「現任台灣實質民政首長」，中止對陳水扁及與他有關的政治起訴，撤銷他的無期徒刑，並恢復他的人權及公民權利。
四、如有必要，法院應指派一位特別專員，並採取其他法院認為必要的救濟，以解決此案。