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棉酚具生殖毒性[28]，導致男性睪丸萎縮、精蟲數量減少及活動力下降；女性經期混亂、子宮縮小、卵巢萎縮[27]。雖然現在的油脂純化技術可去除大部分的棉酚，但多少還會殘留[29]。精煉後的棉籽油，棉酚含量為0.1％至0.2％[27]。在1970、80年代，中國大陸、非洲、巴西等國，曾用棉酚作為男性避孕藥，但到了1998年世界衛生組織認為棉酚用於男性避孕會造成不可逆現象，就算停用也無法回復精蟲數量，因此禁用[30]。棉酚的三種形式——酚醛式、內酯式、環酮式——在一定條件下可相互轉化[8]，若檢驗有遺漏會有安全漏洞[31]。