印象中, 這兩個案件的差異在
1. 主導
台南鐵路地下化 -> 交通部與鐵路局主導, 賴清德只是協助
苗栗大埔案 -> 劉政鴻主導, 行政院說不關他的事了

2. 必要性
台南鐵路地下化 -> 解決這麼多市中心平交道, 與台鐵捷運化的安全問題, 以工程性來看沒有替代方案
苗栗大埔案 -> 沒拆那幾戶, 一樣可以通過, 而且苗栗已經有很夠用的科學園區了

3. 徵收補貼
台南鐵路地下化 -> 用現在市價, 而且未來購某新房可以建設的成本價購買, 但住戶凹說要一坪90萬...
苗栗大埔案 -> 記得是每棟補助100萬, 明顯低於市價, 竟然連搬遷費都要住戶出

4. 私人利益
台南鐵路地下化 -> 賴清德沒有得到任何直接利益
苗栗大埔案 -> 劉政鴻就是能抽到地段這麼好的地

每項來看都差很大, 要相提並論就...

補個懶人包 http://imgur.com/a/H0FjF#oucq5Pq