《兩岸人民關係條例》没有说大陆地区人民是不是中华民国国民的问题，只说了大陆地区人民进入台湾需要经过台湾政府批准。 所以《国籍法》仍然适用。
如果《国籍法》仍然适用，那么大陆地区人民很明显仍然是中华民国国民，只不过因为没有台湾户籍，不能随意进出/移居台湾。 但是《中华民国宪法》里又有讲明，第十條 “人民有居住及遷徙之自由” 如果《兩岸人民關係條例》和《宪法》相抵触，那么就是无效的。

这里我认为很明显《兩岸人民關係條例》是与“人民有居住及遷徙之自由”相矛盾的。 因为台湾政府在用“户籍”限制中华民国国民的遷徙自由。 所以要么1.修改《国籍法》，取消大陆人民的中华民国国籍。 2.修改宪法，取消遷徙自由。