我用過兩種 shell script，早期用 csh，後來大都用 bash，實際上我私心是偏好 csh 的，只因為大家都在用 bash，我也只好跟著用。
我用 shell script 寫過上千行的程式，當時用 shell script 的主要原因是為了寫安裝程式，安裝程式用其他 script 寫不如直接用 shell script 來得方便，除此之外，我也用過 C + shell script 在 embedded linux 的 target 上寫網頁 CGI，就是類似你們用的 ip 分享器設定介面那種東西，因為機上盒記憶體寸土寸金，基本上不可能讓你裝個像 apache 這種重量級的 web server，所有東西都要用 C + shell script 來搞定。
除了上述我說的特殊應用之外，我覺得其他 script 會比較好用，我用過 perl 跟 php 來寫一些例行性事務，然後設到 crontab 裡去做排程。
我這幾年對系統操作的東西比較少碰，python 這五六年紅起來的 script language 也就懶得去摸了，不過我想原理是相通的。
我個人覺得 shell script 不太需要刻意買書來看，比起一些語言來說，shell script 算是非常簡單的，只要查 man 跟一些範例就可以搞定了，相對來說，你對系統環境的掌握度才是你寫好 shell script 的關鍵。
最後回答你的問題，基本上所有高階 script 都能呼叫 system 來執行 linux command，實際上這些 script 的 system 呼叫都只是借用系統所提供的 system()、fork() 等類似函式來跑而已。