不同單位，國安局是一級機關，直屬總統府和國安會。

調查局是三級機關，屬行政院->法務部。

他們的工作任務也全然不同，國安局就是情報機構，負責台灣的國內外情報、密碼研發和電訊作戰科技研發，比較像美國的CIA和NSA

調查局就像美國的FBI，是屬於刑事訴訟法上的司法警察官，即非警察體系的警察，主要負責各種大型毒品、財經和科技犯罪的情報偵蒐。