由於心情鬱悶，十三阿哥胤祥終於患病，「濕素毒結於右腿，膝上起白泡，破後成瘡，時流稀膿……」。此症時好時壞，經御醫反覆醫治，很長時期未癒。康熙皇帝是位慈父，儘管對十三阿哥胤祥十分不滿，但對兒子的病痛仍記掛在心。他在塞外時，經常在給皇子們的硃批中問詢此事，並親閱御醫奏摺，對治療做出具體指示。

有的材料說此後的十三阿哥胤祥一直被康熙皇帝軟禁了十多年，直到雍正皇帝繼位才被放出，這是後人對於歷史材料的誤解。

事實上，十三阿哥胤祥不久就被釋放了。1709年春天，康熙皇帝巡塞外，他仍然在隨行的皇子之列。但此次康熙皇帝將他帶在身邊，絕非示以寵愛，而是具有防範之意。不過，自1710年到1721年間，十三阿哥胤祥始終未曾隨皇父外出，這是因為他的腿足疾患行走不便造成的。
不過，隨著雍正皇帝的上台，這一切苦難終於過去了！