樓主所謂的內嵌字幕是指嵌在影片裡還是指一起打包在MKV裡?
1 ) 如果是嵌在影片裡那便木法度了,
2 ) 如果是指打包在MKV裡, 則可以用MKVExtract將字幕分離出來, 用ConvertZ或Word或SrtEdit一類的程式將它轉碼, 然後再用MkvMerge將字幕重新封裝在MKV裡面。
我看你提及簡體繁體可選, 所以情況應該是屬於第二種。