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自87年01月01日起，愛滋病患雞尾酒療法醫療費用，自衛生署轉由健保局接管，病人每人每月的藥費約NT30,000元，均由健保給付，為世界上少數由政府負擔的國家之一，唯這間接會影響到政府推動相關業務的預算。且對於一些愛滋併發症所使用的藥物，不在健保給付範圍，仍會加重病人的負擔