提供個人實作經驗：
1.若 C:已先裝有系統，擬在 D:等其他硬碟或其他分割區安裝另一系統做成雙啟動，則必須在原作業系統運作狀態下，從檔案或光碟安裝新系統。(不要由光碟開機)

2.上述安裝新系統若是由光碟開機並安裝至D:，則新系統安裝完成後將會自動變更所在磁區為 C:，至原存在的作業系統被變更為 D:或其他標號。(此與樓主所述情形相同)

3.若 C:安裝的是 32位元作業系統，如欲在 D:安裝 64位元作業系統，則除非從光碟開機並安裝，要從原 32位元系統裡直接安裝到 D:似乎是不可行的。(錯誤訊息：不能從 32位元的系統執行 64位元的程式) 對此，我的解決方案如下：

a.先將 C:的原有 32位元系統備分,
b.以 64位元系統光碟開機並暫予安裝至 C:,
c.由 C:的暫時 64位元系統開機，再將該 64位元系統正式安裝至 D:
d.將原 32位元系統還原至 C:...OK, 完成！

附註：雙啟動的開機選單可能需要作修改(利用 VistaBootPRO等程式)