921大地震發生當日，餘震相當多，影響最大的一次是不到一小時後的凌晨02:16分，芮氏規模達6.8，這場緊接在7.3主震之後的餘震是造成921大地震房屋毀損比其他地震要多的主因。接著是9月22日早上08:14分，芮氏規模達6.8。以及9月26日早上07:15分，芮氏規模達6.8。除了以上三個餘震達到芮氏規模6.8之外，其餘超過芮氏規模6.0以上的餘震則有21日凌晨01:57分M6.3，02:03分M6.6和05:46分M6.4；9月22日早上08:49分M6.2和晚間20:17分M6.0。

在2000年6月11日凌晨02:23分發生的強烈地震，亦屬於921大地震的餘震，芮氏規模達到6.7。