MKVToolnix
http://www.bunkus.org/videotools/mkvtoolnix/
方式很蠢，輸入你要切割的時間點，例如你要一分鐘到二分鐘要輸入00:01:00,00:02:00
會割出時間點+1段，自已找你要的片段。

不然Boilsoft Video Splitter，這非免費軟體，選項比較少卻直覺化

有更好的也希望別人提一下，mkv切割好麻煩又笨