以下訊息希望有幫助，若有不足之處還請多多指教。

1. MSI USB3.0那張卡上的內接接頭和舊的USB腳位一樣，
說明書上說明這個連接頭和主機板上的USB連接後，
要開啟BIOS內的USB及PCI-e電源管理機制，Wake up LED電源指示燈會亮起；
沒意外應該是 MSI 想達成 USB週邊裝置可喚醒主機板的設計。
不過仍然是沒有提供 USB 儲存裝置開機，畢竟介面卡上面沒有boot rom。

2. 畫面會閃爍問題未知，
以780G架構來說，在PCI-e上會和這張卡起衝突的是主機板上的RTL8111c網路卡。
自己的經驗中，Hybrid CrossFire頂多是沒有畫面，但不至於會變成這樣。
樓主插上R4850是透過CrossFire嗎？不知道您在BIOS中的設定是？