安全問題

有人認為用來包裝核燃料的石墨有可能會著火燃燒，是一個安全上的問題。（蘇聯切爾諾貝爾核電廠發生意外時石墨曾經燃燒。)反應爐因此必須以惰性氣體作冷卻劑，而且不能接觸氧氣。如果在更換燃料的過程中，空氣進入反應爐，可能會造成嚴重事故。
燃燒球的製造如果有瑕疵，亦可能產生問題。
德國的AVR 反應爐曾出現燃料球卡住的問題，引起幅射外洩，最後導致德國政府下令關閉研究計劃。