把焦點拉遠一點，商湯推翻夏桀，周武王推翻殷紂。後世認為他們是弒君的亂臣，但又因為新朝的君王推翻暴政獲益的是黎民，所以才有爭議。
蘇東坡說：武王不是聖人，過去孔子遮蔽湯、武的罪，但伯夷、叔齊至死不食周粟(周朝的俸祿)，而孔子讚許他們的氣節，實際上是狠很地指責了武王。

不過孔子在為『尚書』所寫的序其中有一段：伊尹幫助商湯伐桀，成湯逐桀於南巢。武王伐商，武王勝利而商紂被誅。
各用一句話概括，這就是一般所說的『六經折衷(取其中)』。
*以上來自宋朝洪邁所著之『容齋隨筆』。
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遠在周朝的時代就意識到這些東西，甚至後來劉邦稱王立漢開始採用神話來合理自己的統治權與君權天授，基本上當時所謂的天命已經變成隨人講隨人解釋的，
如果你的武力夠強隨時有一批人為你服務，為你美化出身，把統治權合理化，合理推斷另一方的人恐怕也不會相信劉邦陣營的說法！

再來請問中國人(或者說華夏民族)有信仰嗎？我覺得有或沒有，端看這個信仰能不能為你服務。
當你有所求，你會求神希望神為你開導、解決疑難。當別人的信仰阻礙你的利益，那麼就算彼此信仰的是同一個神，你也會找出百般解釋來合理化自己的企圖。
不過這也讓中國儒釋道並行而沒有排外的現象，這多少也有點幫助。
以上這無關有無信仰的好壞，畢竟全世界歷史中有太多人因為個別的信仰而去塗炭他國百姓卻自己以為很合理。

回到日本天皇南北朝的問題我認為後世留下來的記載不夠，不能完全判斷當時的人就一定有人會去質疑正統性問題。
但是商朝、周朝的例子如此鮮明，應該可以走出另一個觀點，幕府不推翻天皇是不敢想，還是當時作不到？