"問伺服器用主機板用於家用 跟普通的市售常見A G M牌主機板 會有其差別嗎"
A, G, M也有做伺服器板子..

我這邊說明的是UP系列的板子..
像是X58或著3400的PCH系列..
DP以上就不提了(差異不小....)..

"挑選的記憶體 硬碟 介面卡 會有其需要特定選擇 有相容性的問題嗎"
使用一些工作站/伺服器產品相容性較一般Desktop好..
例如RAID HBA...
有些部分得看晶片設計...

"還有其硬體安裝上 跟市售機殼 孔位相符嗎"
要看板子設計...
這點要到該廠商的網站查詢...