愛滋病毒感染後，需要經過一段時間血液才會產生愛滋病毒抗體，因此在感染後的早期，可能因抗體尚未產生，而檢驗呈陰性反應，此即為空窗期。一般而言，空窗期約是愛滋病毒感染後6-12週內，過去也有零星的報告發現空窗期長達12個月。隨著檢驗方式的進步，空窗期已可以縮短到1-2星期。在此期間，患者體內的愛滋病毒病毒量最高，傳染力強。空窗期時許多患者沒有症狀，或是症狀不特殊，易被疏忽或診斷成一般的感冒，因此患者可能繼續從事高危險性行為、傳染其他的人。目前愛滋病毒的流行並未稍歇，這可能是原因之一。