我也不知道真相為何，以下僅就我所找得到的公開資料與各位先進討論:

由政府出資的研究計畫，除非另有特別訂定，一般來說其權利是屬於政府，這件事是沒有問題的。

而政府為了獎勵研究，允許創作發明人得到一部份的獎勵，這一部份也見諸於中央研究院專利及技術移轉個案獎勵金支給要點(請參見該院公共事務組網頁)。根據這個規定，專利發明人在專利授權完成之後，可以得到專利授權金的40% (如果是股票則以面額計算)。

這可能造成一個問題，就是公務人員服務法第十三條規定公務人員不得持股超過其所投資公司股本總額百分之十。

雖然根據民國96年7月4日公布的生技新藥產業發展條例，在第十條對政府研究機構人員做出鬆綁，但是此案相關的事實根據報載發生在民國 96 年以前，不知道是否因此構成違法?

另外就是採購的部分。

公開招標流標之後改行限制性招標，這點就程序上符合採購法。有違法疑虞的可能是第十五條關於承辦人員遇到配偶、三等親屬與姻親時應迴避的規定。

以上是個人的推測。