嗨∼小妹又來啦
先回答樓主的問題

１、交通來說，基本上除非樓主去的地方是在山手線上，不然都是要轉車的。
　　不過除了幾個大站以外，其實其他車站的規模沒有很大，所以樓主不用擔心迷路問題。

２、吉卜力美術館的定休日是禮拜二，不過看樓主打算禮拜一去，那就沒有什麼問題了。

３、飯店的話，小妹認為上野也是不錯的選擇，尤其當你買完大包小包的土產還要提著走去車站坐車回飯店的時候，當下會恨不得飯店就在附近。
　　而且回程的話直接在上野站坐京成線就可以到成田了。

４、看樓主去程的飛機時間，到飯店check in 以後還要去東京鐵塔還挺拼的，從成田到市中心少說也要１個半小時，坐利木津的話要兩個小時還不包括塞車的時間。
　　不過如果樓主夫妻倆人都是夜貓的話，那也沒有問題了，注意末班電車的時間就好，不然東京的計程車是貴森森的。

以上

另外提供妹妹的同事去日本遊玩的小技巧。
她是把一些旅遊時會問到的問題請會日文的人用中日文寫成字卡，有必要的時候拿字卡出來問路人。
給樓主作一下參考。
根據小妹去過兩次東京、一次京阪的經驗來說，東京的人相對上比較怕用英文，個性也比較冷漠。但是京都跟大阪的人可能遇到的觀光客比較多，個性也很熱情，連普通賣店的歐巴桑都很喜歡用英文跟外國人交談，而且用的英文還非常流利......。