看完您PO東南旅行社的機加酒比起自己訂機票跟酒店並沒有比較便宜，所以傾向建議您自訂機票跟飯店更有彈性，飯店就訂在上野，好處不少，包括了到機場後只要搭乘京成線(特急只要1000日圓)直達上野站不用轉車，而且回台灣當天你可以盡情在上野那一帶買齊你想要的藥妝保養品和糖果餅乾等等，再一樣搭乘京成線出發去機場，而且還可以安排半天在上上野公園(動物園)喔。
另外轉搭車和您要前往的地點建議如下：
上野御徒町到築地市場(大江戶線)然後築地市場到汐留用走的汐留就可以搭乘海鷗號到這裡為止大概中午，海鷗號買一日劵您和嫂夫人就可以台場晃半天了。
而宮崎駿博物館就請您到上野下方御茶之水站轉搭乘JR中央線直達三鷹市(或吉祥市)，而御茶之水站從上野過去看您要用走的大概30~40分，或是搭乘銀座線到末廣町後往西走會有指標的，而JE中央線抵達三鷹後可以轉搭龍貓公車，出站後就有售票機了，就可以在附近玩到下午，下午就再一樣搭乘JR中央線到新宿站去那附近逛街吃晚餐，再從新宿坐大江戶線到上野即可。
上面其中兩天，因為您想去淺草跟東京鐵塔，然後你可以從上野坐銀座線到淺草，再同樣
搭乘銀座線到虎之門走出來後大概走10分~20分鐘就到東京鐵塔了，之後同樣在坐銀座線可以到澀谷或是表參道逛街吃飯。
上述就是主要的三天行程，因為自由行所以樓主可以盡情自行安排時間。以上說明。