"稽查人員說朋友有開票據給某A公司，且票據皆有兌現，但卻沒有看到跟某A公司的交易的發票，這樣變成小弟朋友沒有申報96年那一筆交易所得，和未開立該筆交易的發票出去因此要罰兩筆，以交易金額來算大約10來萬。"

這怎麼怪怪的, 你朋友開票據, A公司開發票, 所以顯然是 A公司賣東西給你朋友. 所以沒開發票的是A公司, 有所得而沒申報的也是A公司.
為什麼會罰到你朋友的公司？

還是你朋友的公司, 因為沒有進貨發票, 所以轉賣給下家時也就"順便"不開發票也不報所得, 進貨出貨都當作不存在?