我錯了。

根據
教育部頒定學生健康檢查基準表

只要求檢查男生的泌尿生殖系統。

而根據
國民中學 學生健康檢查記錄卡,

表單上並未註明，只需檢查男生的泌尿生殖系統

所以該醫師若是按照學校提供的表格進行檢查，似乎是做了白工又被罵到臭頭。