大體而言...
複雜軟體,建議用裝的.
精小軟體,建議用免安裝的.

在一個穩定的系統下，使用免安裝軟體主要的風險系統不穩定,常當機...
例如 存檔、更新、動態連結其它程式...等
其它沒什麼缺點...

但是...一般使用者應該沒有能力去擁有穩定的系統....
(指伺服器等級的系統)